《忍者龙剑传3黄泉方舟》下面带来游戏的剧情介绍。

作为《忍者龙剑传》FC三部曲的最终部，游戏以充满悬念的方式开场，在某间神秘研究所之外，艾琳被隼龙一路追杀，最终因为无路可逃而坠入海边悬崖。

得知爱人遇难的消息后，隼龙潜入研究所试图解开谜团，结果却被一位神秘男性告知真相只有在岩石城堡的要塞中才能获得，不过敌人已经准备了圈套在等着主角。就在此时，隼龙通过研究所的显示器发现了曾经的熟人，那就是在“初代”登场过的CIA特别行动队队长福斯特，而他也是艾琳的前上司。

于是，隼龙打败了一路上的敌人，来到岩石城堡，那位神秘男性也早已恭候多时，并向他透漏了一个令人难以置信的消息：由于邪神的死亡，导致了多重空间出现裂缝，无数的生命能源从城堡中的古代要塞遗迹不断涌出，福斯特则在此基础上重建要塞，并利用这些能源进行人工生命体的制造实验。

而艾琳之所以惨遭毒手，恰恰是因为无意间发现了福斯特的计划，至于那位凶手，则是以隼龙的身体和战斗数据为基础所制造出来的“复制隼龙”。

带着怀疑的隼龙继续前进，终于在要塞内部与福斯特当面对峙，后者毫不掩饰地表达出自己希望得到隼龙的身体，并用以完善整人造人的改造计划，培养出战斗力爆表的忍者军队。就在此时，本应坠崖的艾琳突然现身朝福斯特开枪，原来她利用“坠海身亡”所带来的喘息时间与军方取得联络，以便破坏福斯特的邪恶阴谋。

就在场面陷入混乱之际，与隼龙有过接触的神秘男性趁机杀害福斯特，并且打通了生命能源的亚空间通道，逃亡其中，隼龙见势追了进去。

在亚空间之中，隼龙打败了自己的复制品，神秘男性则启动了埋藏其中的超级空间战舰，并且向隼龙透漏了自己的真正计划：名叫克兰西的他只不过利用隼龙消灭福斯特，好让自己能够夺取要塞中的这件终极武器，然后毁灭世界上现存的一切，最终以自己的意志创造新世界。

在经过一番苦斗之后，隼龙终于还是打到了克兰西，摧毁了这艘“黄泉的方舟”……太阳缓缓爬上山头，黎明已经到来，隼龙与艾琳并肩而立，感叹着过往所发生的种种。

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