游戏玩法

　　本作的操作与街机版相同，分别是射击（近身攻击）、手雷和跳跃。与街机版比较，本作人物只有一次生命，但是却有体力的设定。受到攻击之后不再是一击毙命而是扣血，根据角色受到的伤害不同扣血量也不同。在中途捡到的食物类道具（例如烤鸡、蘑菇、面包、罐头之类的）可以补充角色的体力。这样的设定从一定程度上降低了游戏的难度。游戏可以无限接关，但是一旦中途丧命接关时，不像街机版就地复活，而是从玩家所在章节的起点处重新开始。

收集要素

　　合金弹头A中最吸引人的就是收集要素。它不同于街机版中仅仅是对人质的收集。由于是掌机版的缘故，本作取消了原有的分数系统，取而代之的是卡片和人质的收集。人质的收集与系列作相同，可以救出普通人质和隐藏人质。有些人质会藏在隐藏的房间、过道甚至地下迷宫中。人质的收集完成度可以在每关过关后的人质花名册上查看。
　　卡片的收集则是本游戏的最大亮点。作为GBA版独有的卡片系统，卡片的效果在游戏中起到了极其重要的作用。包括可以提升坦克的防御力或者弹跳力的卡片，可以提升武器装弹量或者武器威力的卡片，可以帮助探索隐藏道具以及人质的卡片，还有开启特殊游戏模式以及变换骑乘武器等五花八门的卡片。卡片的收集方式也是多种多样：除了救出人质，获得道具，打每关固定的隐藏点可以收集卡片之外，还有很多卡片需要独特的方式才能收集到。比如在限定时间内杀每关BOSS可以得到特殊卡片，救出N名人质之后可以得到纪念卡片等等。最关键的是某些隐藏路线和游戏的隐藏关只有在获得特定卡片之后才会开启。本作通关不难，难就难在把卡片集齐。游戏一旦中途接关，在本关的接关点之前所获得卡片将会消失，之前努力付之一炬。只有在保证不接关的情况下，从一关的开头打到关底才能保留本关内获得的卡片。