背叛了NEST·S的K’和马克西马，一直在各地的NEST·S研究所进行破坏，而军方也希望把二人捕获，因此再次举办K.O.F.大会企图引出二人；可是，这一次行动的指挥却不是哈迪兰(Heidern)上校，而是军方的高层”凌”(Ling)司令。另一方面，一直留意著NEST·S的动向的草薙 京得知今届K.O.F.大会并非由NEST·S 举办，大感疑惑。

　　K’和Maxima在军方派出的特务“Vanessa”的刻意安排下再次以种籽选手的身份参加大会，而K’和马克西马的前队友红丸和真吾也联同红丸的旧友兼军方的特务“Seth”，和中国传说中的暗杀组织「飞贼」的四天王之一---「麟」组成「红丸队」参赛。NEST·S高层Diana和Foxy对于是次K.O.F.大会的动机感到怀疑，同时也察觉有同等权力的Zero有异样的动静；在「K.O.F.大会可能和Zero有关」的推测下， Diana和Foxy派出本是为对抗K’而制作的改造人“Anti K”——Kula Diamond欲妨碍K.O.F.大会。

　　在K’等人成功在大会中获胜后，当哈迪兰上校向凌司令请示捕获K’时，凌司令却命令部下用枪胁持哈迪兰上校。在基地的显示器上，除了一直被监视的K’等人外，更出现了一个样貌和凌司令一模一样的人。这个自称Zero的男子，在暗杀了真正的凌司令后再把自己的复制人配置在军方，以凌司令的身份掌握军方的指挥权。

　　Zero此举的目的是想收集格斗家的力量转化为启动卫星兵器“Zero Cannon”的能量，再把Zero Cannon向NEST·S的总部发射，意图消灭NEST·S再统治全世界。凭著特殊战斗服的性能，Zero曾一度令K’等人陷入苦战；可是，Zero却因为低估了K’的潜能而落得惨败的下场。虽然在战斗中落败，但启动Zero Cannon所需的能量却已足够；在Zero以必胜之心按下起动钮时， Zero Cannon却无法运作。原来，Zero Cannon在Zero和K’等人决斗时已经被Diana和Foxy派遣的Kula所占据；Kula把Zero Cannon的目标改为Zero身处的基地；Zero也在绝望之中被自己的皇牌吞噬。

　　Whip在Zero的口中得知了自己和K’的姐姐异常的相像，而后来在同一地点调查Zero死因的京也被一直找寻自己的庵发现，可是京机敏地成功逃脱，暂时免了一场麻烦。而麟在Zero Cannon发射后被瓦砾压住大腿受伤，却在此时重遇早已失踪，现已投靠NEST·S的飞贼之长--“龙”，龙更向麟道出了自己灭绝飞贼一族的事实。在危急关头，红丸出手击退了正想对麟下杀手的龙。

　　2000的故事是整个kof大赛中最复杂的，不只是牵扯的势力，同时还有在大蛇篇埋下的伏笔。不过说实话，小编觉得故事还是有点老套了。毕竟卢卡尔已经来了一波了，这次伊格尼茨又来炒起了冷饭。哎，虽然2000看起来好像很厉害的样子，不过不能细说啊。