NEST·S，表面上是一个知名的国际企业，实际上却是一个企图征服世界的庞大组织。趁着上届拳皇大会草薙京和大蛇战斗后身体极度虚弱的时机，将其捕获，并利用京的身体进行了一个名为“Project K”的计划，计划内容包括京的克隆、京的战斗数据分析和把”最终决战奥义·无式”分析并将其数据化，还有京的基因移植等。

　　K'和Krizalid就是这计划下的产物。后来，八神庵闯入京身处的研究所大肆破坏，谁知破坏所产生的震动却意外令京苏醒，京也因此而逃离了NEST·S，并行踪不明。

　　此后不久，NEST·S决定举行新的“拳皇大会”，K'也奉命和马克西马招揽想找寻京的二阶堂红丸和矢吹真吾作为种子选手一同参加该大会。同时，欲找寻自己和京的关系的K’(因为K’不知道自己的火炎力量是从京的DNA移植而来)受意图为好友向NEST·S报复的马克西马唆使而背叛了NEST·S。

　　后来K’他们胜出了大会，并且和NEST·S的干部Krizalid会面。从Krizalid的口中得知，一切都只是为了替复制草薙京军团收集「引子数据」：由于京一生中从没杀过一个人，造成了京的复制人有”无法杀人”的缺陷，因此要收集一些杀人的数据然后将之输入复制人的脑内来填补他们的缺陷。

　　至于收集引子数据的方法，就是和Krizalid战斗后再透过Krizalid的特制衣服传送给布置于世界各地的复制京。

　　在此之后，复制京们便会向各国首都发动袭击，藉此令各国元首投降，轻易征服全世界。

　　可是，本是完美的计划却因为Krizalid的战败而宣告破产， Krizalid更因此而被NEST·S的高层废弃；在临死前更从自己认为是“姊姊”的Whip口中得知自己是K’的复制人，令一直以为K’是自己的复制品的Krizalid大受打击，含恨而终。

　　因为这一次的失败，令NEST·S这个组织的存在曝光.，开始受到军方的关注。

　　99主要是告诉大家京的下落，和揭开音巢篇神秘的面纱。有人觉得从99开始主角从草稚京他们变成了K很不能接受，有这样的感觉是很正常的，毕竟一同奋斗了三个版本后，谁不会喜欢哪些角色呢。其实大家也没必要太过伤心，尽管主角变了，但是草稚京他们并没有缺席kof大赛。