首先，那些异形其实并不想伤害人类，之所以他梦淦鳐打地球，是因为人类拿走了它们的重要遗产：“Relic”，这样一来他们就开始攻打地球，企图从人类手中夺回。结果，万恶的政府头目三巨头就派出了无所不能的“魂斗罗”二人组：比尔和兰斯。
这两个人一次又一次地打败了前来讨债的外星人，而他们本人以及全球的人类却并不知情，只是被三巨头蒙蔽得误以为“他们（指那些外星人）是纯粹的侵略者”，于是，外星人便一次又一次被消灭，随后一次又一次东山再起，然后再被消灭........直到有一天-------
“魂斗罗”中的一个人------兰斯，无意中知道了真相：这么长时间以来自己所战斗的目标，竟然是这样的东西！！！既然连这样的战争都可以被称为是正义，那世界还有什么正义而言！！！这个结果表绝对无法接受！！！
于是，愤怒的兰斯准备公布这一事实，把罪恶的政府和悲剧的外星人这些事公布到世界，可惜，他被人灭口了.............
结束了？不，没有。兰斯并没有死，由于他是知道真相的，所以尽管他是歼灭了大量外星人的“魂斗罗”，外星人还是用他们的方式救活了他：他往自己的身体里注射了异形，融合了，然后整个人就活了过来。
同时，在政府那头，由于他们担心活下来的“魂斗罗”：比尔，会迟早发现事实，这样一来就麻烦了，于是他们就制造了一场特别的事故：这场事故，夺走了大部分人类的生命，从而给比尔强加了一个罪行。同时在兰斯那头，可能是由于兰斯获得了外星人的信任，于是，兰斯得到了强大的力量：一个名为“血鹰”的巨大军事组织，他们见哪儿打哪儿，制造事端，其实就是为了对抗政府。
这个组织太厉害了，政府根本就罩不住，于是便只好将最后一个，活下来的，关在监狱中的“魂斗罗”------比尔，给放了出来，并联合由曼德拉博士创造、政府来完成的基因生化人：女主角-------露西亚，组成了一个新的“魂斗罗”二人组，一起对付“血鹰”。
比尔最终打败了兰斯，奄奄一息的兰斯在死前告诉了比尔真相
知道真相的比尔就正式像兰斯一样，站在了外星人的一边，从罪恶的政府手里夺回遗物，解放外星人和地球的全人类..