合金弹头一代
2030年，在军中有一名元帅企图建立自己的政权，引发许多反叛行动，搞得世界大乱。
那位元帅名为MORDEN.....，他聚集许多人的力量，并立自己为反叛军总司令。
当时，正规军正在开发强力的战斗工具-SUPER VEHICLE系列，於是生产出一种超强力战车，名为METAL SLUG(正是游戏的名字唷~)，编号为SV-001。
然而MORDEN元帅知道正规军有了如此强大的武器，自然是相当焦虑。为了不落人後，但是自己又生产不出来......
他们突袭战车工厂，偷了许多的战车。正规军知情况不妙，赶紧举行反攻作战行动!在高层慌得一片混乱的同时，特殊工作部队-PF队的MARCO及TARMA自愿进入前线作战....
METAL SLUG的一切导火线.....便是从此开始。
合金弹头二代
在一切结束後，过了两年，正规军参谋本部接见MARCO和TARMA，他们发现MORDEN的馀*势力似乎正在酝酿中，恐怕会造成第二波的反叛行动。不但世界各地开始引发一些小型的活动，而且这些小型活动的主使也开始联合尝试组织化.....，据各地的来到情报显示，morden的势力极有可能又再次复活.......
但是，MORDEN不是失踪了吗?两年内，从未得知他的消息。
MARCO和TARMA倒很清楚该怎麼做，他们自愿再组队出击，以秘密突击的方式。参谋本部自然同意了他们的作法，但是，他们担心这是一场过於艰难的任务，不是两个人就可肩负得了的，於是，他们推荐正规军情报部的特殊工作队-SPARROWS，那儿将会派遣两人来支援。此次任务，即2 MISSION，是四人的共同作战。
作战即将出发的当天，SPARROWS的两位士兵来会合了.....，令他们惊讶的是，是两位女性。
“我是笠本英里，二等兵。叫我ERI(英里)就可以了。”
“呃....嗯，真的很荣幸见到你们两位前次大战的英雄，我是SPARROWS的FIOLINA GERMI，一等兵。我是第一次参加这种大规模的作战行动.....但我没问题的。希望大家一起加油，多多指教了。”
“喔喔......MARCO，这次可以和这样的女性一起作战呐。”
“都到这时候还说什麼，时间到了。MISSION START!”
镇压作战就这样开始了，但他们还不知道隐藏在这次行动中，MORDEN请来的危机.......
合金弹头三代
MORDEN元帅的新政权叛乱行动已成历史。秩序且和平看似又回归到了世界......，只是MORDEN是不会死心的，他曾一度企图再来个东山在起，但政府却早料到他的阴谋，在一次闪电突击中令其无法有再出头的机会。
参与之前打击MORDEN势力的两位大将。在PF队中的MARCO和TARMA，这次请辞又被退回，只得继续带领PF队(一个是队长，一个是副队)。仅管MORDEN的下落被灌上"失踪"二字，但他的追随者仍是遍布全世界，对MARCO及TARMA来说，将这些追随者一个一个地绳之以法正是本份所在。然而这些追随者开始暗中涌起一些狂暴的斗争行动，.....MARCO和TARMA无法阻止，却也渐渐地查觉到MORDEN即将再兴起的第三恶魔计划!!同时，在SPARROWS，正规军情报部中的特殊工作队，也在他们一连串的追击MORDEN势力的行动中，发生了一些奇异的事件。从政府BIG WIGS中的家畜被劫持失踪到一些人看见奇怪的大型生物出现....。这些怪事似乎只能引领他们推测一种更残酷的情形。
看来MORDEN元帅的出头恐怕不是唯一需要担心的事件了。　
情报部认为这似乎又得为此再办联合任务，如同过去，协力战斗的两队，PF队及SPARROWS，被要求要出任务去登陆一个偏远的小岛-那个据情报显示是MORDEN反叛势力的会合地点。情报部经过分析，认为MORDEN的反叛势力和那些在城中的奇怪事件有关，只是军方高层知道此事，居然非常不屑地嘲笑，认为那只是个没头没脑的猜测罢了。
然而部队相当坚持这两件事的关连性并不能因为被当作逻辑不通而被结束!但这事却因为IA的幕後操纵，硬是让政府批准了一半。
MARCO害怕这场政争的後果，担心出任务的结果恐怕只会使部队(PF)步入大伤亡的惨境，也许情报部是对的，但他自然是想反对这场任务。这次出席，依然如往常一样，他礼貌地请求退回命令又一样被忽视，一想到登陆战斗可能发生的结果，MARCO耸了耸肩无奈地只想把它了.......
“啊!等等!”TARMA叫住MARCO，向另一方向挥动手臂
“喔!...”ERI望向他俩，惊呼道
“真是好久不见了......”FIO微笑著说
於是，也许战斗的序曲就在这四人再次会面而开始，没人能预料终曲会是如何......。MARCO居然决定要他们四人提早暗中登陆岛上，他不想将这件事遗祸到PF及SPARROWS的所有人身上，他要自己提早将这场战斗结束!
即使只有他们四人。
.....这场战斗将是艰难的....他们知道。
合金弹头四代
0XX(2032)年，世界的人们都对电脑异常犯罪恐怖份子感到恐惧，各国的军事组织对之前电脑病毒“WHITE-BABY”在网际网路上的出现，都感到忧心冲冲。
而“WHITE-BABY”是一种新型电脑病毒，它主要能夺取各个国家的军方电脑系统的控制权。
这个电脑恐怖份子的组织叫做“AMADEUS”(意为被神锺爱的人)，到处利用“WHITE-BABY”破坏各个网路的安全系统来显示自己的能力。
於是在得知这项消息之後，国际紧急对策讨论会(名字好难翻译||||.....)便决定实行两个主要方案。首先先加强讨论会的阵容。然後就是想办法派兵阵压AMADEUS。然而网上打击AMADEUS的行动早已展开了，於是安排突击部队的攻击一事也迫在眉睫.....。
这只是事情的序曲罢了。(前面写的和过去真难有关连啊|||||)
想当然，这种事必定得落在特殊工作部队PF队的肩上，於是PF队也开始组织工作部队了。
可惜他们手脚还是太慢了，正规军情报处理中心接收到了一个可信度极高的情报，那就是AMADEUS准备要攻击世界情报交流设施，这个消息外流更加地造成世界恐慌，可谓箭在弦上不可不发，要发比别人早一步总是赢的，於是一方面TARMA和ERI受命担任“WHITE-BABY”的解毒开发小组的保护人员。另一方面，PF队与SPARROWS也协力要开始准备突击，除了两方的领导人MARCO和FIO要加入外，这次更多了两位新军-TREVOR和NADIA。
於是4 MISSION即将开始行动。
出发前，他们六人会合在资讯处理室中。据闻发现了AMADEUS的行踪，只是当他们载入了卫星图像後，原本只是先看到AMADEUS的类似军营驻扎的地方，然而又有个极熟悉的背影.....当下一张播放在他们眼前时，却又令六人为之惊愕。
那是一张对著镜头笑的MORDEN元帅。
他们深知任务将更为棘手........然而，战斗即将展开。
合金弹头五代
开发新一代METAL SLUG(也就是SV-001)的研究所又莫名其妙地受到不明的袭击了。
这次记录著METAL SLUG的资料光碟全部被夺走，一乾二净。有鉴於过去只要有人(例如叛乱军)抢起METAL SLUG绝对代表没好事会发生， Marco 和Tarma在第一时间 接到了资料夺回命令，并追踪其下落。
另一方面、正在调查Ptolemaic Army组织(Ptolemaic的意思为托勒密，详见下方注解)的Eri和Fio，成功调查到了该组织目前位於一个古老的遗迹“火之回廊”内。虽然她们曾试图进入遗迹内并尝试镇压，但这条必经的路线被当地的原住民和一台巨大的METAL SLUG给阻挡。由这台该死的特大号红色SV-001攻击事件，足以证明Ptolemaic Army是夺取METAL SLUG资料的组织。
正规军队为了将资料夺回并将组织消灭、决定由PF与SPARROWS的精锐部队执行“火之回廊”的再度进攻作战计划。
注解：Ptolemaic在此指的应该不是那位伟大的数学家，有可能指的饰淦鼾去埃及托勒密王朝，和马雅到底有什麼关系我搞不懂.......，但取这个名字我觉得最大的原因或许是托勒密打从一世起就是个擅於篡位和统治的代表。
合金弹头六代
在METAL SLUG3之後，就在大夥都觉得大概不会再发生任何比外星人来地球作乱还更夸张的事之际，天边一颗来自外太空看似陨石的不明物体居然好死不死地造访了地球，在地球上留了一个大洞。在科学家和媒体兴冲冲地打算研究时，正规军先一步地发现了那极像陨石的玩意根本不是陨石，而是来自另一星球外星人的太空船，它在极快的冲击下穿越到了地壳深处，并且出乎人类意料之外地已经开始 建立了巨大地下基地，简言之，他们的意图自然饰淦鳐占这个蓝色星球。
另一方面，叛乱军元帅DONALD.MORDEN在MS3受到正规军搭救之後，完全展现其不死心的本能，企图再次与火星人曾经背叛过他的火星人(长得像水母的那种) 结盟，而火星人因为又让地球上的正规军打败(还是杀到总部)，元气大伤，也想回复他们以往的盛况，两方谈和後，这回他们的主要目标是派兵秘密救起已葬身海底的Rootmars(火星之根—MS3最终BOSS)，藉其强大的力量来支配全球。
正规军高层发现这些突如其来的内忧外患，自然不可能坐视不管。於是开始派兵调查，并试著与佣兵集团结盟。可惜的是，重振势力的判乱军有了火影人的科技已经非同小可，正规军於是大败，遭到叛军俘虏。
但帮助判乱军的火星人却因为新来的外星人而受到前所未有的胁迫。这些来自不明星球的外星人先下手为强，他们没先打算攻击人类，目标以先攻下火星人这个来抢生意的种族为目标，他们掳走了几个火星人。
重建Rootmars计划因此开始受到阻挠，MORDEN不希望自己想征服的地球先一步被该死的外星人得手，因此积极地加速计画的实行，想使火星之根复活与之抗衡。而同时，在地底的外星人已经开始全速进攻地球了，MORDEN和火星人全然乱了阵脚，因此以俘虏为条件，要求正规军与叛军合作，一同赶走这些棘手的敌人， 抢救地球大作战..........於是，开始进行了。