剧情紧接着第一代的剧情，在红隼首领之一天王鬼龍神被打跑之后，危机并没有接触。因为外星人已经利用被洗脑的人类在多处建立了军事基地，玩家必须通过这些基地消灭最终的外星生命体。而这一次，玩家们可以直接杀进外星人巢穴。

第一关（红隼根据地1）

　　BOSS：运输直升机

　　为了让大家对地图的全景图有一个直观的了解，小编将地图竖放。

　　这一关仅仅是根据地的大门，打败BOSS之后才能进入基地内部。

　　街机版和FC版本的关卡和BOSS都有很大的出入，相比较起来玩家们必定还是觉得FC平台更受待见。

　　因为关卡长，BOSS更有震慑力

第二关（红隼根据地2）

　　BOSS：磁力重装甲車

　　这一关玩家冲击了根据地，画面以平面俯视的角度展开，算是非常有创意之举。

　　这和我们玩到的街机射击游戏《怒》和《古巴战士》非常相似。

　　磁力重装甲車的原稿图

　　二关BOSS是玩家在关底遇到的大型重装甲坦克。在这个场景我，玩家的子弹是有射击距离的，不过如果玩家使用F弹，就可以轻而易举的歼灭他们。

　　它的顶部有三个炮手，装备了单兵作战步枪炮台。中央的指挥官实际上是这个装甲車的弱点，一旦被击败，整个坦克将被摧毁。

　　磁力重装甲車在历代版本中都是不同的，后期出现在横版过关的场景中就显得非常薄弱，不堪一击。

第三关（丛林）

　　小BOSS：烈撃六連機動砲（螃蟹）

　　大BOSS：外部防御系统

　　本关算是向最初的版本致敬了，不过难度增加了很多，大量的追兵，树丛中大量的隐藏小兵。以及要经历小BOSS，地震场景，然后才能面对最终BOSS。

　　烈撃六連機動砲

　　烈击六连机动炮，是一种巨大的机甲武器，通过四支巨大的机械腿移动，使其外观类似于蜘蛛。它的主体上配备了六个大炮，每个大炮指向不同的角度。攻击轨迹还是比较有规律的。

　　玩家要是跳到他的背上就算是安全区，但是你的想办法攻击它啊！有F弹的话可以直接攻击

　　外部防御系统

　　玩家经历地震之后就会遇到它，这个BOSS有四个移动炮塔。 外部防御系统非常牢固，具有十字形的锯齿状轨迹，而炮塔在其中移动。

　　它的弱点就是最中间的发光核心，玩家只需要击中火力进攻就可以迅速通关。

第四关（红隼根据地3）

　　BOSS：激光发射器

　　这是被外星人势力洗脑的人类最后的一个基地。只要攻破这里，玩家就能够进入外星人的老巢。

　　当年我们这群小伙伴叫这个BOSS：钉耙

　　因为他看上去和猪八戒的九齿钉耙一模一样。

　　激光发射器有九个出口，玩家可以各个击破。要是有技术的话，可以盯着一个打，打完之后再打第二个。当九个出口全部打掉之后，就可以过关了

　　在五关出现的所有关卡中都没有外星人，全是被洗脑的人类以及人类的科技。

　　在之后的关卡，外星人和外星科技将一一登场。

第五关（红隼根据地4）

　　BOSS：骨塊無重力艦

　　BOSS是一艘大型飞行外星战舰。它的外观可以看出，是由生命体和金属相结合的产物。它能够大量生产类似人类头骨一样的的活动生物。

　　很明显，这里就是外星人的实验基地，它们将大量洗脑的红隼人类成员和外星生命体融合，打造出各种怪物。六关过关之后，玩家进入的就是由一堆人类肠子堆砌的入口。

　　金属异形

　　异形和金属的完美结合，防御力极高，拥有超快的移动速度

第六关（外星区域1）

　　BOSS：天王鬼

　　这个场景就是外星人的老巢之一，图中会遇到各种外星生命体。以及大量的孵化器，这些孵化器正在制造打不完的怪物。

　　它就是《魂斗罗》系列初期的红隼本体，也是前面几作的最终BOSS。

　　在《超级魂斗罗》街机版中，它就是最终的BOSS，这一切的罪魁祸首。而到了FC版，在之后增加了两关，但是最后两关的BOSS都没有他的地位高。

　　没错，看名字和原稿设计就知道了。

　　天王鬼是由之前被打败的三只怪物，使用残躯重新组合而成的终极怪物，在第一形态被打败之后才会露出真身。

　　在游戏中虽然它不堪一击，但是在故事背景中犹如神一般的存在，怎么打也死不透。连续登场了好几部作品，最终在《魂斗罗四》中才被打散。

第七关（外星区域2）

　　BOSS：陰獣魔神像

　　本关主要是进入异形的巢穴，因此会一直向下潜入，期间会遇到大量怪形、异形和异形蛋。

　　最终，玩家进入了异形老巢，找到了本关BOSS陰獣魔神像

　　陰獣魔神像在GB和FC中的形象，看上去没有什么变化。

　　它并非生物，而是外星防御系统，可以随时生产酸液和蛆虫进行攻击。

　　而街机版的这个形象是最接近游戏原画的，但是这个表情，是故意吸引玩家被笑死吗？

第八关（外星区域3）

　　BOSS：陰獣

　　八关场景中的怪物和《异形》中的异形非常相似，这里是外星人真正的基地。

　　这里的场景非常适合怪物的孕育与生长，天王鬼的最终目的就是将地球全都打造成这样。

　　在天王鬼消失之后，阴兽暂时替代了它的领导位置。

　　阴兽原画设计图，因此可以看出她仅仅是幼虫

　　她是人类和外星生物完美融合的新物种，不过阴兽这形态仅仅是幼虫而已。随着版本的增加，阴兽后期越来越强悍，甚至还能移动和跳跃，发展到最后已经长出了翅膀（科乐美旗下恶魔城某BOSS对阴兽有所借鉴）

　　最终形态的阴兽，强悍的战斗力、完美的移动力、完全的适应能力，或许已经没有人类可以击败了。

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