一颗来自外太空的陨石在地球上砸了个大坑，但是，这实际上不是陨石，而是艘外星人的太空船，它在冲击作用下穿透到地球深处，然后建起了巨大的地下基地。

　　同时，正规军也因为怒队的加入而壮大了。

　　有传言说Morden元帅又在搞什么名堂了，于是正规军小队即刻出击，发现叛军和火星人再一次结为联盟！

　　火叛联军抓住了派遣的小队，但是火星人突然惊慌起来，因为另一个外星种族出现了，而且它们开始拐卖并且吃掉火星人，但是它们并没有伤害在场的人类叛军。

　　有传言说正规军收到消息说叛军企图重建海底的Rootmars（3代最终BOSS）借此支配世界，但是现在情况变成了Rootmars必须重建才能打败新的外星种族。然而，在重建过程中被敌方的外星种族发现了，叛军受到了攻击，最后只剩一半军力。此时Morden元帅不得不向正规军小队求助来重建Rootmars并且打败敌方的外星侵略者。

　　剧情设定为《合金弹头3》之后的故事，跟《合金弹头 3D》一样， 新鲜出炉的《合金弹头6》（下面简称MS6）也是SNK Playmore公司为了庆祝《合金弹头（Metal Slug）》系列诞生10周年而从街机移植到PS2平台上的游戏。与《合金弹头 3D》投石问路的试探性质不同，MS6沿用了传统的2D卷轴方式来进行游戏。既然3D化的稚嫩令许多玩家无法接受和认可，那么现在的MS6是继续像4，5两代那样继续量产化，毫无新意可言，还是能真正意义上超越被普遍认为系列最经典的3代呢？==========================================CD7:Metal Slug 6

　　1.Last Resort 2.Main Theme from MS6 3.Cliff and Cave 4.Steel Beast 6+7 Beets5.Carry Out [MS6 version]6.Inner Goldfield7.Asian Impact8.Biotoxic9.Gravestone [MS6 version]10.Bridge 25611.Aim High Chase Fast12.Final Attack [MS6 version]13.Unavoidable Duel14.Awesome Rush15.Discharge16.The Military System [MS6 version]17.The Survivor18.Critical Maneuver=======================================