《永恒树之歌：创世》构建在一个被触手侵蚀后亟待复苏的世界中。故事始于世界支柱——永恒树战败崩解，其枝干残存却仍具生机。玩家将肩负重建使命，在永恒树本体上培育种子，借助旋律与节律之力逐一净化散落的小世界。种子是核心驱动力，决定净化效率、生态形态与居民回流速度，因此掌握创伤种子等关键配方，对恢复小镇活力与世界繁荣至关重要。

小世界的生成依赖于玩家在永恒树上的主动栽种行为。所需种子需通过炼金系统手工合成：材料可通过分解物品或完成特定任务获取，每种基础材料随机映射六种基础元素之一——土、水、风、火、光、暗。这些元素在炼金过程中可自由组合，不同配比将触发差异化结果，最终生成具备独特属性的种子。元素组合逻辑稳定且可复现，例如土+水+风稳定产出草原世界种子，火+土+暗对应沙漠世界，水+光+风则导向冰川世界。

游戏内六种元素构成全部生态逻辑底层：土、水、风三者协同催生丰茂草原；火、土、暗交汇塑造灼热沙漠；水、光、风共振凝结为凛冽冰川。其他组合亦有明确产出路径，赋予玩家高度可控的创造自由度。

种子配方并非直接授予，而是隐匿于世界各处的历史遗存中。玩家需深入探索以发掘线索：在永恒镇中央巨型雕像基座旁，可进入炼金术师遗弃的工作坊，其中一本泛黄日志记载了“完美世界种子”的完整配比；草原驻地延伸出的巨大树根盘绕处，藏有一处纯白洞穴，进入即可拾取内附配方的日志；平原区域的瀑布崖壁侧方设有一台古老机械装置，启动后将驱动机关开启石门，门后静置着另一份关键配方；森林区两株参天古木上方延伸出一条缓坡草地，沿其向上行至平台边缘纵身跃下，可抵达隐藏工坊，内部日志同样载有可复用的种子合成方案。