Isomorphic Labs 展示了统一计算药物设计系统 IsoDDE（Drug Design Engine）的部分能力，并称其不仅提升了 AlphaFold 3 的结构预测精度，还补上了从结构预测到实际药物发现之间的关键环节。

在困难的蛋白质—配体结构预测泛化基准上，IsoDDE 的准确率据称超过 AlphaFold 3 的两倍；在小分子结合亲和力预测上，其准确性超过传统物理方法，时间和成本更低。系统还可只根据氨基酸序列识别靶蛋白的新结合口袋。

文章指出，单纯知道生物分子结构还不足以在计算机中推进药物项目。面对未见过的生物与化学空间，模型必须能泛化，并联合预测多种生化属性和相互作用。IsoDDE 的技术报告与数据展示的是这一方向的阶段性能力，而非已经替代湿实验的结论。