游戏中共设有三个技能树：通用技能树、彼得技能树和迈尔斯技能树。所有技能一旦加点便无法重置。除通用技能外，彼得和迈尔斯的技能树主要提供能力加成，专注于角色属性提升而非战斗风格变化。游戏前期建议优先投资通用技能树，推荐首先解锁右侧分支的"连续连击"、"完美闪避充能"和"击倒充能"。"连续连击"能在四段普通攻击后提供一次免费使用装置的机会。

"完美闪避充能"和"击倒充能"能为角色补充能量，增强续航能力，帮助角色更频繁地释放终极技能。后续可选择"装备补给"或"斗志昂扬"进行加点。"装备补给"能在释放终极技能后补充一个装置，"斗志昂扬"则随着连击数提升专注值获取速度。完成这五个关键加点后，若操作熟练可考虑左侧的连招技能。

连招技能主要增强空中战斗的灵活性，便于衔接组合攻击。操作不够自信的玩家可选择角色专属能力强化。彼得的加点重点推荐"蜘蛛飞甩"、"蜘蛛猛冲"和"蜘蛛电击"，这三个技能可解锁彼得的四项蜘蛛能力。前期技能点有限，建议保留给核心技能，非必要技能可留待后期解锁。彼得右侧的技能树在游戏后期将产生显著影响。

迈尔斯的能力建议作为前中期主要投资对象，其中间栏技能对前期战斗影响显著。仅完成主线任务即可将角色提升至30级，解锁全部技能需要达到60级。达到60级后开启新游戏可解锁终极等级系统。终极等级共9级，每提升1级将按顺序解锁彼得战衣配色：1-3级解锁毒液战衣，4-6级解锁共生体战衣，7-9级解锁反毒液战衣。